教育部重申依法處分立場，過來人卻主張不要干涉太多
對於錫安山教會要自己教育教徒子弟，學者認為，教育有無奈的一面，教育也不是萬能的，如果教徒執意而為，政府很難強迫他們回到正軌的學制接受教育。
研究宗教社會學的中山大學教授吳寧遠說，在瞭解了該教派的教義後，就會知道不是那麼容易能強迫學生回到正式學校的，如果政府採取強硬手段，會發生另外一個問題。如果政府有教育多元化的包容力，問題會比較好處理。/p>
研究教育心理學的高師大副校長戴嘉南說，教育不是萬能的，如果這些教會家庭執意離開正式的教育體制，政府很難採用「強迫入學條例」來強迫他們回來；因為，強迫入學條例適用尚未入學者，已經入學的學生可以一直請假不到學校，學校不能限制他們請假。
針對錫安山新約教徒醞釀全省同步，將子女帶離學校、不接受義務教育一事，教育部六日重申，接受義務教育是憲法賦予全體國民的權利和義務，地方政府在勸說、書面警告都無效之後，可依「強迫入學條例」規定開罰單、處分違規家長的一貫立場。
針對錫安山新約教徒子女集體離開公立學校，在教徒自辦的學園接受教育一事，台北森林小學和種籽學苑等「體制外學校」，分別以過來人的經驗表示，主管教育機關應給予私人興學更大的空間，不宜干涉太多；但辦學單位也要嚴謹，避免以太多大人的意志影響子女學習。
針對高雄錫安山基督新約教派要求教徒子女集體退學一事，前行政院教改會執行秘書曾憲政及部分教育學者六日都指出，無論是學校教育或「神國教育」，都不應違背教育中立原則，不應受到宗教或政治的干涉，否則都不適合孩子的教育。
教育體制的爭議，隱含對社會現象的反思不同價值觀應受尊重聖經的故事，摩西帶領被埃及統治四百三十年的以色列人渡過紅海，逃到目前的以色列領土，終於有自己的家園，不再是奴隸。如果錫安山教會的信徒執意自己接受教育，政府的確很難強迫他們回學校，何況，台灣已經有自己在家教育的例子，又有脫離體制的森林小學。所以，政府千萬不要以為只有體制內的教育才是好的，體制外的都是不好的，對於此，如果教徒沒有傷天害理的違法行為，政府應尊重他們特有的價值觀。
過去幾個脫離教育體制的例子，最後都有緩衝途徑，使政府和脫隊者不致起衝突，錫安山高雄教會已經開辦的學校，如果也能有中立團體協助是最好的，否則，教育局在處理時，最好不要強調是「教會學校」，也就是不要以單一的教育目標強迫不同人生觀者接受。